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开发了新的工具来对环状DNA进行测序

开发了新的工具来对环状DNA进行测序

新方法将有助于深入了解细菌和病毒的基因组,以及哺乳动物和植物的染色体外环形DNA。

根据一项新的研究,阿尔伯塔大学的生物学家发明了一种新的环形DNA测序方法。这一名为“cider - seq”的工具将为其他科学家提供有关任何类型细胞中环状DNA的丰富而准确的数据。

虽然我们自己的DNA是线性的,但圆形DNA在细菌和病毒的基因组中很常见。科学家们还在人类和植物细胞的细胞核内发现了环状DNA,称为染色体外环状DNA (eccDNA)。最近,研究已经开始调查eccDNA在人类癌症中的作用,但由于缺乏有效的方法来研究和测序eccDNA,进展一直受到阻碍。

我们的主要进展是,通过我们的方法,科学家们最终能够对任何类型细胞中的环状DNA有一个公正的、高分辨率的理解。生物科学系博士后研究员、主要作者Devang Mehta解释道。随着我们CIDER-Seq的发明,我们可以开始了解这些神秘的环状dna在人类和植物细胞中的功能。

CIDER-Seq使用一种名为PacBio的DNA测序技术。该方法包括一个web-lab协议,以及一个新的计算管道。它被优化来检测病毒基因组和eccDNA,并且可以让其他科学家在线访问。

我们设计了一种新的分子生物学方法和一种新的生物信息学算法来最终获得eccDNA的全长序列;梅塔解释道。我们的方法最终使我们能够对这些分子进行完全测序,并为我们和其他研究人员提供了一种工具,以更好地了解它们在细胞中的实际作用。

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参考文献:利用CIDER-Seq&rdquo对环状DNA病毒和染色体外环状DNA进行全长测序;Devang Mehta, Luc Cornet, Matthias Hirsch-Hoffmann, Syed Shan-e-Ali Zaidi和HervéVanderschuren, 2020年4月,《自然议定书》。

DOI: 10.1038 / s41596 - 020 - 0301 - 0

这项工作是与比利时列日大学的赫弗·万德舒伦合作完成的。

这项研究的资金由瑞士国家科学基金会和欧洲委员会第七框架项目提供的mehtas奖学金提供。范德舒伦实验室得到了科学研究基金会和欧盟的LEAPAgri项目的支持。

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