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众包虚拟超级计算机加速病毒研究

众包虚拟超级计算机加速病毒研究

游戏玩家、比特币“矿工”以及大大小小的公司联合起来,开展了一项史无前例的数据处理工作,旨在利用闲置的计算能力来加速对冠状病毒治疗的研究。

由计算生物学家领导的这个项目有效地创造了世界上最强大的超级计算机,它可以处理需要了解病毒结构的数万亿次计算。

据项目所在地圣路易斯华盛顿大学(Washington University in St. Louis)的生物化学和分子生物物理学教授格雷格·鲍曼(Greg Bowman)称,过去两周,有40多万用户从“Folding@Home”下载了这款应用。

“分布式计算”努力将成千上万的设备连接在一起,创建了一个虚拟的超级计算机。

该项目最初于20年前在斯坦福大学(Stanford University)启动,旨在利用众包计算能力进行模拟,以更好地了解疾病,尤其是可能导致病原体死亡的“蛋白质折叠”异常。

鲍曼对法新社表示:“这些模拟让我们能够观察每一个原子如何随时间移动。”

大量的分析寻找病毒中的“口袋”或洞,在那里药物可以被挤入。

“我们的主要目标是为治疗寻找结合位点,”鲍曼说。

众包虚拟超级计算机加速病毒研究

“制药目标”

强大的计算能力可以测试潜在的药物治疗,这是一种被称为计算药物设计的技术。

鲍曼说,他对这一努力持乐观态度,因为研究小组此前在埃博拉病毒中发现了一个“可用药的”靶点,而且covid19在结构上与非典病毒相似,后者是许多研究的主题。

他说:“近期的最佳机会是,我们能否找到一种现有的药物,可以与这些位点之一结合。”

“如果发生这种情况,可以马上使用。”

这可能包括抗疟药氯喹和羟基氯喹,它们可能被用于covid19。

鲍曼说,该项目已经能够将其运算能力提升到400千万亿次,每千万亿次每秒的运算能力是世界顶级超级计算机的三倍。

其他超级计算机也在并行工作。橡树岭国家实验室本月早些时候表示,通过使用IBM最强大的超级计算机,他们已经识别出77种可能的化合物,它们可以与冠状病毒的主要“突刺”蛋白结合,从而消除病原体。

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“没有尽头”的计算能力

Folding@Home项目的动力来自于人们的台式电脑、笔记本电脑、甚至PlayStation游戏机,以及功能更强大的商用电脑和服务器。

鲍曼说:“我们原则上可以使用的计算能力是无止境的。”包括微软旗下的GitHub在内的大型科技公司也在参与其中,该项目正在与其他公司进行讨论。

任何拥有一台相对较新的计算机的人都可以通过安装一个可以下载少量数据进行分析的程序来做出贡献。人们可以选择治疗哪种疾病。

安全公司Critical Start的昆汀·罗阿斯-埃雷拉(Quentin Rhoads-Herrera)说,“这就像比特币挖掘,但它是为人类服务的。”

埃雷拉说,他的安全研究团队有时被称为“白帽黑客”,他们鼓励更多的人参与进来。

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战斗无助

为游戏设备生产强大图形处理器的电脑芯片制造商英伟达(Nvidia)也呼吁玩家加入这一努力。

Nvidia的发言人赫克托·马里内兹说:“成千上万的新用户加入进来,打破了此前的记录。”

其中一项最大的贡献来自Reddit的一个由PC爱好者和游戏玩家组成的小组,该小组约有2.4万名成员参与其中。

“这是一种对抗无助感的神奇武器,”葡萄牙律师佩德罗·瓦拉达斯(Pedro Valadas)说,他是Reddit社区的负责人,也是该项目顾问委员会的成员。

瓦拉达斯对法新社说:“任何人都可以在家使用电脑,为共同的利益发挥作用,帮助抗击(疾病),这是一个强有力的声明。”

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