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OncoMX知识库使癌症生物标记物和相关证据的研究成为可能

OncoMX知识库使癌症生物标记物和相关证据的研究成为可能

根据乔治华盛顿大学最近的一篇文章,OncoMX知识库将在相关证据的背景下提高对癌症生物标记物的探索和研究。这篇文章发表在《临床肿瘤学临床癌症信息学杂志》上,是“癌症研究和护理的信息学工具”专题系列的一部分。

癌症生物标记,是一种生物指纹,是在体液或组织中的分子,可以指示与各种癌症相关的过程。随着研究和资金的增加,更多潜在的新型癌症生物标志物被报道出来。然而,在重现最初的发现、临床验证和获得一致的生物标记数据方面仍然存在挑战。

OncoMX是一个探索癌症生物标志物数据和相关证据的知识库和门户网站,它的开发是为了将癌症生物标志物和相关数据类型整合到一个元门户中,使癌症生物标志物与其他相关多维数据类型一起研究。

华盛顿大学生物医学科学研究所博士生、论文第一作者海莉丁格迪斯(Hayley Dingerdissen)说:“许多研究团体和财团进行了研究,报告了可能可行的、可用的癌症生物标志物数据。”“这些数据可以合并成一个单一的元资源,以促进更有效的癌症生物标志物研究和探索,这似乎是合理的,但现实是,以统一的方式将不同结构的数据组合在一起,存在许多挑战。”

地址与数据采集相关的挑战和访问,OncoMX团队致力于整合公共癌症生物标志物早期检测的数据研究网络(EDRN)和美国食品和药物管理局,以及其他相关数据持久化标识符,长期引用文档、文件、网页或其他对象。该团队整合了诸如癌症突变、癌症差异表达、癌症表达特异性、人类和小鼠的健康基因表达以及生物标志物数据等信息。

结果数据为使用BioCompute对象框架将异构生物标志物证据集成到OncoMX中以改进癌症生物标志物勘探提供了基础。

“OncoMX旨在结合现有biomarker-relevant数据和新生成的数据可用时,建立一个资源定制对癌症生物标记研究,”拉贾Mazumder说,博士,生物化学和分子医学教授GW医学和健康科学学院GW癌症中心的一员,和该研究的资深作者。“OncoMX专注于本体论驱动的生物标记数据的统一和各种相关实验数据的交叉比较,特别是包括大规模的文献挖掘发现、NCI的EDRN和FDA的生物标记,以及来自Bgee的健康基因表达数据,这是OncoMX与其他整合的癌症资源相比的独特之处。”

接下来,OncoMX团队正在积极寻找新的数据类型,如成像、糖基生物标志物、药物靶标、选择性剪接等。他们还继续致力于将数据模型扩展到新的类型,根据用户的要求将FDA的数据集集成到其他癌症中,并扩大对关键癌症资源的交叉引用。

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